Em primeiro lugar sou contra o considerar que tudo que está no art. 5º da Constituição seja cláusula pétrea e que trate de direitos fundamentais.
Em segundo lugar, creio que você citou de forma erronea o art. 5º, inciso II. O art. 5º, inciso XXXIX e XL são mais apropriados. Tratam eles justamente dos chamados "princípios basilares de Direito Penal" citados por você.
Mas suponhamos que seja o XLII cláusula pétrea. Teríamos choque entre duas cláusulas pétreas. Existiria lei regulando o crime de rascimo previsto na Constituição. Fosse esta lei revogada e não colocada outra em seu lugar entraria em ação o art. 5º XL da Constituição. E deixaria de ser crime e aqueles condenados anteriormente seriam beneficiados. Quando há conflitos entre normas da Constituição deve ser ponderada segundo os princípios constitucionais qual a norma que prevalecerá.
O art. 5º coloca na ordem de prioridade mais alta para mais baixa os direitos a serem defendidos. Primeiro a vida, segundo a liberdade, a seguir a igualdade, a segurança, etc. Creio que a norma constitucional relativa ao racismo quer tutelar a igualdade. Mas antes dela a liberdade tem primazia. Assim como o direito a vida tem primazia sobre a liberdade. Em tal caso a lei que revoga totalmente outra que tratava antes de um crime previsto na Constituição atua a favor da liberdade. E deve ter primazia. Abaixo os dispositivos da Constituição para embasar o que digo. É assim que penso. Sub censura.
Art. 5º Todos são iguais perante a lei, sem distinção de qualquer natureza, garantindo-se aos brasileiros e aos estrangeiros residentes no País a inviolabilidade do direito à vida, à liberdade, à igualdade, à segurança e à propriedade, nos termos seguintes:
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XXXIX - não há crime sem lei anterior que o defina, nem pena sem prévia cominação legal;

XL - a lei penal não retroagirá, salvo para beneficiar o réu;

XLI - a lei punirá qualquer discriminação atentatória dos direitos e liberdades fundamentais;

XLII - a prática do racismo constitui crime inafiançável e imprescritível, sujeito à pena de reclusão, nos termos da lei;

Eficácia contida, pois depende de lei.

Em verdade, é de eficacia limitada pois so apos a norma infraconstitucional podera ser aplicaca. Ser fosse de eficacia contida ou restringivel ela ja poderia ser apliacada e ter ser efeitos contido por lei infraconstitucional. Enquanto nao houver lei dizendo o que é racismo nao podera ser apliacada. Por outro lado nao existe letra morta na constituicao a norma tem eficacia negativa,ou seja, nao pode ser criada lei dizendo que o racismo nao eh crime.