Prezado Amigo Filipe:

A hipótese de incidência do IPTU já está descrita no art. 32 do CTN:

Art. 32. O imposto, de competência dos Municípios, sobre a propriedade predial e territorial urbana tem como fato gerador a propriedade, o domínio útil ou a posse de bem imóvel por natureza ou por acessão física, como definido na lei civil, localizado na zona urbana do Município.

Essa hipótese de incidência não pode ser modificada pelo Município.
O que o Município poderia em tese ter feito seria isenção.
Não acredito que ele possa isentar imóveis residenciais, em detrimento dos outros.
O argumento poderia ser com base no Princípio da Igualdade e da Capacidade Contributiva.
No entanto, nem todos os imóveis em que é exercida atividade comercial ou industrial pertencem a empresas.
Pode haver proprietários pessoas físicas, inclusive pessoas de poucas posses, que aluguem imóveis para empresas.
Nesse caso, pessoas de baixa renda teriam que pagar IPTU. Não vejo razão para cobrar dessas pessoas, que estão incluídas entre os donos de imóveis que foram alugados a empresas.
Não há argumento que use o Princípio da Capacidade Contributiva para diferenciar proprietários de imóveis residenciais de proprietários de imóveis comerciais.

Grandes abraços,

Jr.